Calculadora de Lligació

Autor: Henrick Yau
- 30 de setembre de 2026
| |

Calculadores

ADN Vector

ADN Insert

Configuració de la Reacció de Lligació

Quantitat Recomanada d'Insert
8,3 ng
0,33 μL d'estoc d'insert
Quantitat de Vector
50 ng
Utilitzant 1 μL d'estoc de vector
Ràtio Insert:Vector
3:1 (molar)
Òptim per a clonació estàndard

Configuració Completa de la Reacció

Component Volum (μL) Quantitat Final
ADN del Vector (50 ng/μL) 1.0 50 ng
ADN de l'Insert (25 ng/μL) 0.33 8,3 ng
Tampó de T4 ADN Ligasa 10× 2.0 1×
T4 ADN Ligasa 1.0 400 U
Aigua Lliure de Nucleases 15.67 Fins a 20 μL
Volum Total 20.0

Consells d'Optimització

Basat en els teus paràmetres d'entrada, aquí tens algunes recomanacions:

  • Per a extrems enganxosos 5' amb una ràtio vector:insert d'1:3, incuba a 16°C durant 4 hores.
  • El tractament amb CIP del vector ajudarà a reduir el fons d'autolligació.
  • Si l'eficiència de transformació és baixa, prova d'augmentar la ràtio insert:vector a 5:1.
  • Per a lligacions d'extrems roms, augmenta la concentració de ligasa i allarga el temps de lligació.
  • Inactiva tèrmicament la ligasa a 65°C durant 10 minuts abans de la transformació per obtenir els millors resultats.

Sobre la Lligació d'ADN

  • La lligació d'ADN implica la unió de fragments d'ADN mitjançant la formació d'enllaços fosfodièster.
  • La T4 ADN ligasa requereix ATP i Mg²⁺ per funcionar correctament (proporcionats al tampó de lligació).
  • Les lligacions d'extrems enganxosos són més eficients que les d'extrems roms.
  • Les ràtios molars vector:insert solen oscil·lar entre 1:3 i 1:5 per a la clonació estàndard.
  • Es recomanen ràtios insert:vector més altes (3:1 a 10:1) per a lligacions d'extrems roms o inserts més grans.
  • La desfosforilació de vectors (mitjançant CIP, SAP, etc.) evita l'autolligació del vector.
  • Els sistemes de ligasa ràpida poden reduir el temps de lligació a 5-15 minuts a temperatura ambient.

Fórmula per a la quantitat d'insert (ng):

\[ \text{Insert ng} = \left( \frac{\text{Vector ng} \times \text{Mida de l'insert en kb}}{\text{Mida del vector en kb}} \right) \times \left( \frac{\text{Mols d'insert}}{\text{Mols de vector}} \right) \]

Què és el Calculador de Lligació?

El Calculador de Lligació és una eina que ajuda els investigadors a determinar la quantitat adequada de vector i d'insert d'ADN necessària per a una reacció de lligació reeixida. La lligació d'ADN és un pas crític en la clonació molecular, on un insert d'ADN s'uneix a un vector plasmidi mitjançant un enzim anomenat ADN ligasa.

Com es calcula la quantitat d'insert necessària?

Aquest calculador permet als usuaris introduir dades sobre el seu vector i insert, incloent-hi la longitud i la concentració. Basant-se en la relació molar seleccionada, calcula la quantitat d'insert d'ADN necessària per aconseguir una reacció de lligació òptima.

Funcions principals per a la lligació d'ADN

  • Calcula les relacions molars vector-insert per a diferents escenaris de clonació.
  • Admet relacions molars estàndard i personalitzades.
  • Proporciona recomanacions per a les condicions de lligació basades en la clonació d'extrems cohesius o roms.
  • Inclou consells d'optimització per millorar l'eficiència de la lligació.

Passos per usar el calculador de lligació

  1. Introduïu la longitud del vector (bp) i la concentració (ng/μL).
  2. Introduïu la longitud de l'insert (bp) i la concentració (ng/μL).
  3. Seleccioneu la relació molar vector-insert desitjada (p. ex., 1:3, 1:5).
  4. Especifiqueu el volum total de la reacció (p. ex., 20 μL).
  5. Per a opcions avançades, trieu la temperatura de lligació, la durada, el tipus de ligasa i les opcions de tractament del vector.
  6. Feu clic a "Calcular" per obtenir la quantitat d'insert recomanada i la configuració de la reacció.

Preguntes sobre la lligació d'ADN

Quina és la relació molar vector-insert òptima?

Per a lligacions d'extrems cohesius, generalment es recomana una relació vector-insert d'1:3 o 1:5. Per a lligacions d'extrems roms, una relació més alta (p. ex., 1:5 a 1:10) pot millorar l'eficiència.

Per què es recomana la desfosforilació del vector?

La desfosforilació (mitjançant CIP, SAP o Fosfatasa Antàrtica) evita l'autolligació del vector, reduint les colònies de fons no desitjades.

Quines condicions de lligació hauria d'utilitzar?

  • 16°C durant 4 hores – Condició estàndard per a la T4 ADN ligasa.
  • Temperatura ambient durant 15 minuts – Adequat per a la Quick Ligase.
  • Tota la nit a 16°C – Recomanat per a lligacions difícils o clonació d'extrems roms.

Com puc millorar l'eficiència de la lligació?

  • Assegureu-vos que la relació molar entre vector i insert sigui correcta.
  • Utilitzeu ADN ligasa i tampó frescos.
  • Optimitzeu les condicions de lligació (temperatura i durada).
  • Confirmeu la presència de l'insert mitjançant electroforesi en gel abans de la lligació.

Avantatges d'usar aquest calculador de lligació

Aquest Calculador de Lligació simplifica la configuració de les reaccions de lligació d'ADN, ajudant els investigadors a determinar les quantitats adequades de vector i insert per a una clonació eficient. En automatitzar els càlculs i oferir consells d'optimització, estalvia temps i augmenta la taxa d'èxit dels experiments de lligació.