Calculadora de Pes Molecular de Proteïnes

Autor: Henrick Yau

Calculadores

0
Vàlid

El pes molecular d'una proteïna es calcula utilitzant la suma de les masses isotòpiques mitjanes dels seus residus d'aminoàcids:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{pèptid} \times MW_{H_2O}) \]

On:

  • \(n_i\) = Nombre de cada aminoàcid a la seqüència
  • \(MW_i\) = Pes molecular de cada aminoàcid
  • \(n_{pèptid}\) = Nombre total d'enllaços peptídics
  • \(MW_{H_2O}\) = Pes molecular d'una molècula d'aigua (18.02 Da)

Què és el Calculador de Pes Molecular de Proteïnes?

El Calculador de Pes Molecular de Proteïnes ajuda a determinar el pes molecular d'una proteïna basant-se en la seva seqüència d'aminoàcids o composició. També calcula propietats addicionals com el punt isoelèctric teòric (pI), el coeficient d'extinció, la hidrofobicitat (puntuació GRAVY) i la càrrega neta a pH 7.

Com introduir la seqüència o composició d'aminoàcids

El calculador ofereix múltiples maneres d'introduir dades de la proteïna:

  • Mètode de Seqüència: Introduïu la seqüència de la proteïna utilitzant codis d'aminoàcids d'una lletra.
  • Mètode de Composició: Introduïu manualment el recompte de cada aminoàcid.
  • Opcions Avançades: Apliqueu modificacions com acetilació, ponts disulfur o modificacions terminals.

Pes molecular, pI, coeficient d'extinció i GRAVY

  • Calcula el pes molecular tant en Daltons (Da) com en kilodaltons (kDa).
  • Determina el pI teòric basant-se en els valors pKa dels aminoàcids.
  • Calcula el coeficient d'extinció per a l'absorbància UV a 280 nm.
  • Estima la hidrofobicitat mitjançant la puntuació GRAVY.
  • Té en compte modificacions personalitzades com fosforilació, metilació i amidació.

Per què és Important el Pes Molecular de les Proteïnes?

Conèixer el pes molecular d'una proteïna és crucial per a:

  • Anàlisi per electroforesi (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Identificació per espectrometria de masses.
  • Purificació de proteïnes i cromatografia.
  • Estudis estructurals i funcionals.

Preguntes sobre el càlcul del pes molecular de proteïnes

Com es calcula el pI teòric?

El punt isoelèctric (pI) és el pH al qual la proteïna no té càrrega neta. Es calcula utilitzant l'equació de Henderson-Hasselbalch:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Què és el coeficient d'extinció?

El coeficient d'extinció es calcula utilitzant el nombre de residus de triptòfan (W), tirosina (Y) i cistina (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Com gestiona el calculador les modificacions?

El calculador permet aplicar diverses modificacions post-traduccionals, que se sumen o resten del pes molecular de la proteïna.

Què és la puntuació GRAVY?

La Mitjana Global d'Hidropatia (GRAVY) és una mesura de la hidrofobicitat de la proteïna. Es calcula com:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hidropatia_{AA} \times n_{AA})}{Total\ d'Aminoàcids} \]

Per què s'inclou la molècula d'aigua al càlcul?

Cada formació d'enllaç peptídic resulta en la pèrdua d'una molècula d'aigua, per tant, la massa total s'ajusta en conseqüència.

Eina per a investigadors i estudiants de bioquímica

El Calculador de Pes Molecular de Proteïnes és una eina valuosa per a investigadors i estudiants en bioquímica i biologia molecular. Tant si s'analitza l'estructura de les proteïnes, es realitzen experiments o s'interpreten resultats, aquesta eina proporciona propietats moleculars essencials de manera ràpida i precisa.